1) Teoria Sincicial-Hadzi e Hanson (1950):
Nela é dito que um protista multinucleado, ciliado e bilateralmente simétrico originou outra criatura achatada, com semelhante aos platelmintos, com mudanças estruturais decorrentes da evolução. Essa teoria não é muito apoiada.
2) Teoria simbiótica:
Ela diz que um procarioto fermentador primitivo sofreu diversas invaginações e estabeleceu relações com outros procariontes que se juntaram a principal em seu interior. Com o tempo as células em seu interior passaram a funcionar como organelas.
3) Teoria colonial - Haeckel (1874):
Proposta por Ernst Haeckel, tem como base um protista flagelado colonial - coanoflagelado, que teria se associado com outras células, formando uma colônia esférica de células com orientação locomotora anterior/posterior.
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